El 22 de febrero de 1991 (Ley Orgánica 2/86 de Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado) se crea el Servicio Marítimo de la Guardia Civil. Las funciones se ejercen en las aguas marítimas españolas hasta el límite exterior del mar territorial determinado en la legislación vigente y, excepcionalmente, fuera del mar territorial, de acuerdo con lo que se establece en los tratados internacionales.
Esto supuso extender a la demarcación marítima lo que el Cuerpo de la Guardia Civil venía haciendo en el ámbito terrestre.
Las primeras embarcaciones del Servicio Marítimo se entregaron en el año 1992, que prestaron servicio en la Olimpiada de Barcelona y la Exposición Universal de Sevilla. Posteriormente el despliegue se ha ido completando hasta cubrir la demarcación en la que es competente.
Su misión general es ejercer las funciones que le corresponden a la Guardia Civil en las aguas marítimas españolas y las aguas continentales. También incluye las actividades en el medio subacuático, y en particular la custodia de las costas y el control de la inmigración irregular en este ámbito.
Sus cometidos fundamentales son las siguientes. Judicial: prevención y averiguación de delitos, primeras diligencias e informes; fiscal: resguardo fiscal del Estado y las actuaciones encomendadas a evitar y perseguir el contrabando; administrativo: conservación de la naturaleza y el medio ambiente, control e inspección pesquera y de embarcaciones deportivas, protección del patrimonio histórico sumergido y el control de la inmigración irregular; misiones en el extranjero: participación en aquellas misiones internacionales de cooperación policial, mantenimiento de la paz o humanitarias que se desarrollen en el ámbito marítimo; colaboración y cooperación nacional: relaciones de colaboración con otros organismos españoles con competencias en el mar, como Salvamento Marítimo, Marina Mercante, Aduanas, Medio Ambiente, Pesca y la Armada.
La Jefatura Fiscal y de Fronteras dependiente de la Dirección Adjunta Operativa, es el órgano superior del que depende el Servicio Marítimo.
El Servicio Marítimo se estructura en una jefatura del servicio, ubicada en Madrid; grupos marítimos, unidades organizativas en las que se integran los buques oceánicos del Servicio Marítimo de la Guardia Civil, y los servicios marítimos provinciales, que coinciden con cada provincia que cuenta con litoral.
Entre sus unidades están los referidos grupos marítimos, unidades en las que se integran los buques oceánicos de la Guardia Civil. Tienen su base en Las Palmas y en Cádiz.