La superficie aproximada que ocupa la estación es de 51.377 metros cuadrados (más de cinco veces la superficie de la antigua estación). Cuenta con ocho vías (cino en ancho internacional para los trenes de alta velocidad) zona comercial, de ocio, hotel y aparcamientos para unos 1.550 vehículos.

Ubicado en el término municipal de Antequera y con acceso por la carretera MA-5406. El nuevo edificio de viajeros tendrá una superficie total de 3.500 m2.

La estación está configurada por cinco vías de ancho internacional y dos andenes de 400 metros de longitud por ocho metros de ancho para su servicio, así como por dos vías de ancho ibérico que enmarcan un andén de 200 m de largo y ocho de ancho. Todos los andenes disponen de su marquesina.

Se sitúa en el límite de los términos municipales de Puente Genil (Córdoba) y Herrera (Sevilla) y se accede a ella mediante un enlace diseñado desde la carretera A-340 (Estepa-Herrera-Puente Genil).

El edificio de viajeros está en una cota elevada respecto a las vías, a modo de una gran pasarela de 1.550 metros cuadrados. Una estructura metálica la dota de una espectacular cubierta. La capacidad del aparcamiento es de 350 vehículos.